Precis som med de flesta typer av träningsformer finns det ett antal faktorer som kan ses som nackdelar.
- Om du inte är van att träna och börjar med ett crossfit program som är för avancerat är riken för skador relativt stor. Det är viktigt att börja med vad du är säker på att du klarar av.
- När du väljer att träna crossfit i grupp istället för ensam måste du räkna med att gruppträningen inte är anpassad till dig och vad din kropp klarar av. Gruppträningar är istället en form av träning som måste rikta sig till flera olika människor. Det räknas därför som en nackdel ifall du vill fokusera på en träning som är anpassad till just dig.
- En sista nackdel med crossfit är att det är en träningsform som inte låter dig bli bäst inom ett visst område. Träningen fokuserar nämligen på flera områden vilket gör att det inte är en bra träning om du till exempel vill bli en av de bästa löparna. Dock behöver du inte se detta som en nackdel ifall du inte är ute efter att bli bäst inom endast ett område.